在环境审计的三种审计类型中，目前学术界和实务界最为关注的是企业环境内部审计，因为解铃还须系铃人，目前对于解决环境问题最关键的还是靠环境污染的最大根源—企业自身。企业的环境内部审计主要站在企业自身的角度，以企业的经济利益和社会效益为依据，客观公正地监督评价企业各项与环境相关的经济活动和经营业绩并向企业最高管理层提交环境内部审计报告。它是企业管理的一个重要组成部分，是维持、监督环境管理体系正常运行的基础工作，为环境管理体系的运作提供有力的支持。企业环境内部审计涉及到企业管理各个方面。具体地说，它包括环境内部审计、环境内部合规性审计、环境内部绩效审计三种模式。
格兰特·莱杰伍德在他所著的《环境审计与企业战略》一书中指出，“环境审计是企业经营战略的重要组成部分，它不但涉及到企业的科技改造，产品创新的能力，而且涉及到企业的生产、储存、经营等各个方面。”企业开展环境内部审计最基本和最传统的类型是环境内部合规性审计和环境内部财务审计。当企业经营管理活动符合环境法规的要求并且具有成熟的环境审计程序时，可以开展较高层次的环境内部绩效或环境管理体系（EMS）审计，后者是为确保企业环境管理体系可以恰当有效运行以控制未来环境风险而对其所做的检查、评价活动，它需要企业管理当局制订并保持一项计划和一些方案定期地进行，审计方案应涵盖审计范围、频度和方法，包括了进行审计、报告结果的责任和要求，审计范围和进度表也应该以有关措施的环境意义和先前一些审计的结果为基础。以下将分别介绍环境内部审计的这三种模式：
（1）环境内部财务审计
企业环境内部财务审计的是以企业内部审计部门或企业内部审计部门为主、联合其他部门（如环境保护、技术部门）及外部专家为主体，以受托环境财务经济责任及其信息，即反映受托环境财务经济责任的环境财务收支及其相关的经济活动以及反映受托环境经济责任的会计资料及其他有关经济资料为对象的环境内部审计。企业环境内部财务审计的内容主要有环保资金财务审计，即对环保资金的筹集、使用情况进行审计；环境会计信息披露审计，主要包括是否环境会计信息披露符合环境会计、财务制度的规定、应计环境负债和由于环境风险问题引起的或有环境负债是否得到恰当确认和反映以及评估环境管理费用估计的合理性；环境保护内部控制的审核等。环境内部财务审计的主要目标是通过检查环境会计账目及其相关环境资产、负债的公允性，从而确保受托环境财务责任的全面履行。
（2）环境内部合规性审计
与环境内部财务审计着重企业的财务收支和信息披露是否公允性不同，环境内部合规性审计的重点主要在于审计企业是否遵循了有关环境方面的法律法规条例。环境内部合规性审计主要和对象与内部环境财务审计类似，都是以企业内部审计部门或企业内部审计部门为主、联合其他部门（如环境保护、技术部门）及外部专家为主体，以受托环境财务经济责任及其信息，即反映受托环境财务经济责任的环境财务收支及其相关的经济活动以及反映受托环境经济责任的会计资料及其有关经济资料为对象。但是，环境内部合规性审计的内容更加偏向于审查环保资金的筹集和运用是否合法合规，以及企业的各项经济活动是否符合国家有关环境法律法规和政策。其目标是保证环境资源经营管理行为的合法性。即通过监督评价企业在环保法律法规方面的遵守情况，确保企业环境受托责任的全面履行，防治环境违法违纪行为的发生。
（3）环境内部绩效审计
如果说环境内部财务审计和环境内部合规性审计总体来说是“被动”地审查和监督的话，环境内部绩效审计就更多地是“主动”地提出建设性意见，促进企业环境管理的改善，目前环境绩效审计证逐步成为各国环境审计的发展重点。环境内部绩效审计是企业的内部审计部门通过检查被审单位的环境经济活动，依照一定的标准，评价资源开发利用、环境保护、生态循环状况和发展潜力的合理性、有效性，并对其效率和效果表示意见的行为。对被审单位环境经济活动的经济性、效率性和效果性的审计评价，是环境内部绩效审计的评判依据。企业内部环境绩效审计的主体可以以企业内部审计部门为主，联合其他部门（如环境保护、技术部门）及外部专家；也可以从外部聘请专业审计人员（如注册会计师）执行该项审计业务。企业内部进行环境绩效审计的内容由环境内部绩效审计的目标决定，不同环境审计项目所要达到的目标不一样，这决定了环境内部绩效审计内容的多样性，一般有环境决策行为、经营目标和经营计划审计、环保资金利用效益审计、企业环境管理体系内部审计等等。
